La Mapoteca surge en el año 1975, dentro de la Escuela de Ciencias Geográficas (ECG), como un centro documental especializado en el resguardo y préstamo de material cartográfico de diferentes escalas y temáticas. Está adscrita al Sistema de Información Documental de la Universidad Nacional (SIDUNA), por lo que coordina de cerca con la Biblioteca Especializada de la Facultad de Tierra y el Mar.

La atención se centra en personas estudiantes, apoyando también al sector académico y administrativo, así como al público en general. Se ofrece material cartográfico, revistas en geografía, documentos de trabajos finales de graduación y prácticas profesionales (Cartografía, Ciencias Geográficas, Sistemas de Información Geográfica y Teledetección), equipo para el trabajo de campo y equipo de cómputo con programas especializados para las carreras que imparte la ECG.